Ocurre cuando las tablas (o los campos) están en una codificación distinta entre sí. Para eso hay que revisar todos los campos y tablas y la forma más fácil es ejecutar esta consulta:
SELECT table_schema, table_name, column_name, character_set_name, collation_name FROM information_schema.columns WHERE table_name like 'prefijo_%' -- el prefijo que tengas ORDER BY table_schema, table_name,ordinal_position;